Semerkant, birinci bölümünde büyük şair Ömer Hayyam’ın gezgin yaşamını ve sevgilisi Cihan ile arasında geçen büyük aşkı anlatıyor. Hayyam’ın bilim ve sanat yaşamı çerçevesinde şekillenen bu kısımda Maalouf, şairin zaman ötesi eserlerinin bulunduğu Rubaiyyat adlı kayıp eserinden yola çıkıyor. Romanın diğer önemli şahsiyetlerini ise Ortadoğu tarihine yön veren Hasan Sabbah ve Nizamülmülk oluşturuyor. Hikayenin ikinci kısmında Rubaiyyat’ı bulmak için yollara düşen Benjamin Omar, romanın gerçek zamanlı karakteri olarak kendini okura gösteriyor. Maalouf’un Semerkant’ta yakaladığı başarı ise bu noktada ortaya çıkıyor. İki hikaye arasındaki keskin geçişe rağmen yazar, romanının sürükleyici anlatımından hiçbir kayıp vermeden okurlarını yepyeni bir “yolculuğa” davet ediyor. Romanın son bölümünde el yazmasını bulma ve gün yüzüne çıkarma niyetiyle İran’a giden Benjamin, kendini hiç ummadığı bir maceranın tam ortasında buluyor. Burada 1912 tarihli İran Devrimi’nde önemli rol oynayan şahıslarla bir araya gelmesinin yanı sıra hayatının aşkını da buluyor. 1912, aynı zamanda Titanic gemisinin battığı yıl olması ile de romandaki en önemli dönüm noktasını oluşturuyor.